錢元愨（16世紀—1645年），字孺愿，湖州府歸安縣人，明朝、南明政治人物。

錢元愨是萬歷八年進士錢士完的兒子，于天啟五年（1625年）中進士，獲授國子博士。

當時魏忠賢勢力囂張，他卻能阻止請立嗣太學，并改任武選主事。

崇禎帝繼位，他上疏請求誅殺魏忠賢，使其恐懼，黨羽吳淳夫、李夔龍、田吉、阮大鋮、田爾耕等人自陳去官，自此魏忠賢勢力衰敗。

次年（1629年）遵化士兵缺乏糧餉而嘩變，撫臣無法制止，他奉命宣諭平定，很快改任文選，轉(zhuǎn)為員外郎，請求辭官歸鄉(xiāng)；不久朝廷召任考功，掌管京察。

其時刑法日益嚴苛，政府以嚴酷得以親近，廠衛(wèi)恐嚇人民獲利。

錢元愨因此上疏朝廷應該拒絕私人情面、廣闊搜求采集，杜絕匿名帖子，公正審察核實。

很快他因為京察得失朝廷，被下旨苛責，再升為文選郎中。

適逢汝寧、潁州、陳州、許州、鳳陽、安慶被入侵缺官，崇禎帝每夜批文要求具疏推補，他能從容處理，再因事連坐降為行人司正，不久再召任尚寶丞。

弘光帝即位，升任他為尚寶卿，晉太仆少卿，與張淳、陳濟生同時任命。

錢元愨深沉有智慧，可是性情孤僻，然而志節(jié)宏大不可抹殺；南京淪陷后去世，有兒子錢價人。