朱光祚，字上愚，湖廣省荊州府江陵縣（今湖北省江陵縣）人，進士出身。

萬歷二十二年湖廣鄉(xiāng)試舉人，二十三年（1595年）中式乙未科三甲二十九名進士。

二十八年任錢塘縣知縣，改授邯鄲縣，擢官吏部驗封司員外郎，后改考功司員外郎。

萬歷三十五年，改文選司員外郎，同年升稽勛司郎中。

萬歷三十九年，擔任太常寺少卿。

天啟元年（1521年）三月起復太常寺少卿，二年三月，升任大理寺右少卿，四月升太常寺卿，十二月升都察院右副都御史、協(xié)理京營戎政。

三年八月升兵部左侍郎，仍舊協(xié)理戎政，閏十月升協(xié)理戎政左副都御史，加兵部尚書。

四年秋七月升工部尚書、總理河道，五年二月乞休歸。

崇禎三年（1630年）十月起復為工部尚書兼都察院右副都御史總理河道，后因黃河連年沖決，直犯泗陵，崇禎十三年（1640年）總督朱光祚、周鼎與劉榮嗣皆被逮入獄。

朱、劉皆斃于獄，周免死遣戍。